首先循环水处理剂是应用于循环冷却水系统的，而反渗透阻垢剂是应用于纯水设备和反渗透设备以及除盐水系统的。其次就是产品原材料不一样，循环水处理剂大多采用工业用原材料而反渗透阻垢剂采用优质原材料。最后是二者配方成分不一样依据应用系统的不同配方也有所不同。
　　因为循环水处理剂应用的系统是循环冷却水系统因此可以根据系统的材质适当添加铜缓蚀剂或是其他有助于缓蚀的成分。反渗透阻垢剂是根据原水水质结垢情况有针对性的选择具有阻垢碳酸盐和磷酸盐或二氧化硅以及金属氧化物的产品。